В июне 2015 года компания представила в инспекцию уточненную декларацию по НДС за 2 квартал 2012 года, в которой заявила вычеты на основании счетов-фактур, выставленных 16-ю поставщиками. Счета-фактуры (72 штуки) составлены контрагентами в 2009 – 2011 годах, в соответствующих периодах приняты к учету, что подтверждается товарно-транспортными накладными, актами выполнения работ (оказания услуг).

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в возмещении налога, указав на пропуск трехлетнего срока для заявления права на вычет.

Суд первой инстанции (дело № А63-6199/2016) признал законным решение инспекции.

Апелляция с ним не согласилась, указав, что выполнение условий по принятию на учет товаров (работ, услуг) произошло во 2 квартале 2012 года, поскольку счета-фактуры отражены в книге покупок за 2 квартал 2012 года.

Кассация оставила в силе решение суда первой инстанции, пояснив, что регистрация счетов-фактур в книге покупок в 2012 году вместо 2009 – 2011 годов не меняет начало течения трехлетнего срока, установленного пунктом 2 статьи 173 НК. Компания вправе воспользоваться правом на вычет в течение трех лет после окончания периода, в котором возникло право на вычет налога. При наличии уважительных причин этот срок может быть продлен судом. В данном случае при возникновении права в 2011 году компания могла им воспользоваться в 2014 году, тогда как декларация представлена в июне 2015 года.

Уважительных причин пропуска срока компания не представила. К уважительным причинам нельзя отнести внутренние проблемы компании и бездействие штатного бухгалтера, выразившееся в незаявлении вычетов в соответствующие налоговые периоды. Штатный бухгалтер назначается руководителем, который несет ответственность и риски за действия и бездействия своих подчиненных, указала кассация (Ф08-3220/2017 от 30.05.2017).