Между ООО «Т» (исполнитель) и ООО «Н» (заказчик) был заключен договор на обеспечение запчастями, эксплуатационными материалами, а также проведению текущего, капитального ремонта и техобслуживания автотранспортных средств заказчика. Работы были выполнены, ООО «Н» учло их стоимость в расходах и заявило вычет в декларации по НДС. В подтверждение выполнения работ имелась часть актов, товарных накладных и счетов-фактур. Остальные документы утрачены при затоплении архива, в котором они находились. 

В ходе выездной проверки ИФНС установила, что на следующий день или через несколько дней после поступления денежных средств на счет исполнителя они перечислялись руководителю контрагента – Б. - или снимались его супругой в виде налички, а остальная сумма переводилась на расчетные счета других фирм, в которых Б. также являлся соучредителем и генеральным директором, с назначением платежа «в качестве оплаты по счету». Кроме того, у ООО «Т» отсутствует численность и необходимые ресурсы для ведения деятельности.

Компания оспорила решение в суде (дело № А78-649/2016), указав, что в ходе рассмотрения уголовного дела в отношении Б. с него взыскана сумма неуплаченного НДС, полученного в составе оплаты стоимости за поставленные запчасти, что, по мнению компании, подтверждает реальность спорных взаимоотношений. По мнению компании, сумма доначисленного НДС уже взыскана в виде материального ущерба и теперь повторно взыскивается в доход государства, но уже с истца.

Суды трех инстанций (постановление кассации Ф02-6773/2016, Ф02-6774/2016 от 13.01.2016) признали законным решение инспекции, указав, что возложение на бывшего руководителя контрагента обязанности по уплате НДС не подтверждает ни реальность сделки, ни право компании на вычет. Обязанность подтверждать правомерность и обоснованность вычетов первичной документацией лежит именно на налогоплательщике. Учитывая, что он документы не представил, инспекция правомерно отказала в вычете.