В письме от 08.12.16 № 03-07-10/73279 Минфин напомнил, что на основании пункта 6 статьи 171 НК вычетам подлежат суммы НДС, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями (застройщиками или техническими заказчиками) при проведении ими капитального строительства, сборке (монтаже) основных средств, а также суммы налога, предъявленные налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретенным им для выполнения строительно-монтажных работ.
Вычеты производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товаров (работ, услуг), после принятия их на учет и при наличии соответствующих первичных документов.
Вычеты, предусмотренные пунктом 2 статьи 171 НК (предъявленные по товарам (работам, услугам), приобретаемым для операций, признаваемых объектом налогообложения НДС), могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), имущественных прав.
Учитывая изложенное, суммы налога, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями при проведении ими капитального строительства, принимаются налогоплательщиком к вычету в течение трех лет после принятия на учет работ по капстроительству и материалов, приобретенных для указанных работ, независимо от момента ввода объекта строительства в эксплуатацию. При этом принятие к вычету НДС, предъявленного подрядными организациями при проведении ими капстроительства, на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет этих работ нормам НК не противоречит.