В письме от 24.11.16 № 03-07-11/69332 Минфин рассказал о применении вычета по НДС в случае зачета предоплаты по договору в счет оплаты товаров по другому договору с тем же покупателем.
Вычетам подлежат суммы НДС, исчисленные продавцами и уплаченные ими в бюджет с предоплаты в случае изменения условий либо расторжения договора и возврата сумм авансовых платежей (пункт 5 статьи 171 НК). Таким образом, вычет НДС, исчисленного продавцами и уплаченного в бюджет с сумм предоплаты (частичной предоплаты), без изменения условий (расторжения) соответствующего договора и без возврата этих сумм НК не предусмотрен.
Вместе с тем, в соответствии с пунктом 8 статьи 171 и пунктом 6 статьи 172 НК суммы НДС, исчисленные налогоплательщиком с сумм предоплаты подлежат вычету с даты отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг). В связи с этим в случае зачета сумм оплаты (частичной оплаты), полученных в счет предстоящей поставки товаров по одному договору, в счет оплаты товаров, ранее отгруженных по другому договору, заключенному с одним и тем же покупателем, НДС, уплаченный в бюджет продавцом при получении предварительной оплаты (частичной оплаты), принимается к вычету с даты отгрузки товаров.
Ранее Минфин уже высказывал подобную позицию.