Компания состояла на налоговом учете в ИФНС-1, а обособленные подразделения компании - в ИФНС-2. Сведения о доходах работников были представлены в ИФНС-1. В ИФНС-2 справки по обособленным подразделениям были представлены только 20 мая 2015 года (при установленном сроке 1 апреля 2015 года), то есть почти на 2 месяца позже. В результате компания была привлечена к ответственности по статье 126 НК.

Суды трех инстанций (дело № А73-14137/2015) сочли решение инспекции законным, указав на положения статьи 230 НК, измененные с 1 января 2016 года.

Суды (постановление кассации Ф03-2355/2016 от 03.06.2016) отклонили довод компании о своевременном представлении справок 2-НДФЛ по месту ее учета, поскольку сведения должны быть представлены в другую ИФНС - по месту учета обособленных подразделений. Также суды отклонили довод о том, что пункт 2 статьи 230 НК до 1 января 2016 года прямо не предусматривал обязанность налогового агента представлять сведения о доходах физлиц по месту учета обособленного подразделения.

До 1 января 2016 года согласно статье 226 НК компании, имеющие обособленные подразделения, были обязаны уплачивать НДФЛ как по месту своего учета, так и по месту учета обособленного подразделения. В отношении отчетности, действительно, пункт 2 статьи 230 НК не содержал прямого указания на обособленные подразделения. Однако суды указали, что соответствующая обязанность следовала из совокупности положений статей 24, 83, 230 НК, а также формы справки 2-НДФЛ и порядка ее представления. Законом от 02.05.2015 113-ФЗ пункт 2 статьи 230 НК полностью изложен в новой редакции, вступившей в силу с 1 января 2016 года - была введена обязанность представлять ежеквартальную форму 6-НДФЛ и заодно уточнены обязанности обособенных подразделений в отношении отчетности по НДФЛ.