В письме от 20 апреля 2016 г. № 03-11-06/2/25405 Минфин указал, что у некоммерческой организации, применяющей УСН и передающей нежилое помещение в собственность религиозной организации, объектов налогообложения по НДС и налогу на прибыль не возникает.
При общей системе налогообложения не признается объектом налогообложения НДС передача имущества некоммерческим организациям в целях основной уставной деятельности, не связанной с предпринимательской деятельностью.
Передача некоммерческой организации имущества для использования одновременно для ведения как основной уставной деятельности, так и предпринимательской деятельности облагается НДС.
Услуги по предоставлению в аренду имущества религиозного назначения и иного недвижимого имущества организацией, применяющей общую систему, облагаются НДС.
В соответствии с пунктом 2 статьи 251 НК при определении налоговой базы по налогу на прибыль не учитываются целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно от других организаций и (или) физлиц и использованные указанными получателями по назначению. При этом налогоплательщики - получатели указанных целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (понесенных) в рамках целевых поступлений.
К таким целевым поступлениям, в частности, относятся имущество (включая денежные средства) и (или) имущественные права, которые получены религиозными организациями на осуществление уставной деятельности.
Таким образом, доход в виде безвозмездно полученного религиозной организацией имущества не учитывается при определении налоговой базы по налогу на прибыль при выполнении установленных условий.
Имущество, полученное в рамках целевых поступлений и использованное не по целевому назначению, признается внереализационным доходом (пункт 14 статьи 250 НК).