ЗАО (комиссионер) ввезло товар на территорию РФ для ПАО (комитент), произвело таможенное оформление товара и передало его комитенту. Комплект счетов-фактур от комиссионера и от контрагентов, оказывавших услуги по сопровождению сделки, был собран в 3 квартале 2012 года, а отчет комиссионера был получен в 4 квартале. ПАО заявило вычет по приобретению товара в налоговой декларации по НДС за 3 квартал. 

По результатам камеральной проверки ИФНС отказала в вычетах по нескольким счетам-фактурам, указав на отсутствие отчета комиссионера в 3 квартале. Инспекция указала, что в платежных поручениях и грузовой таможенной декларации указано ЗАО. Следовательно, ПАО без отчета комиссионера, который подтверждает выполнение услуг для ПАО, не может использовать указанные платежки и ГТД как документы, подтверждающие право комитента, приобретающего товар через комиссионера, на возмещение НДС.

Суды трех инстанций (дело № А14-17228/2014) признали недействительным решение инспекции, указав, что условиями применения вычетов являются приобретение товаров (работ, услуг), для операций, признаваемых объектами налогообложения и наличие соответствующих первичных документов.

В решении кассации (Ф10-493/2016 от 31.03.2016) указано: «положения статей 171-172 НК РФ не дают оснований для вывода том, что отчет комиссионера входит в обязательный перечень документов, дающих право на налоговый вычет».