В письме от 7 сентября 2015 г. N ГД-4-3/15648@ ФНС сообщила о том, что освобождение от НДС услуг по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом в пригородном сообщении по единым тарифам за проезд, установленным органами местного самоуправления, приостановлено до 1 января 2017 года.

В соответствии с подпунктом 9.2 пункта 1 статьи 164 НК налогообложение НДС производится по нулевой ставке 0 при реализации таких услуг. Ставка 0% применяется в отношении операций по реализации данных услуг, оказанных в период с 1 января 2015 года по 31 декабря 2016 года.

Таким образом, услуги по перевозке пассажиров пригородным железнодорожным транспортом по коммерческим тарифам в течение 2015 и 2016 годов подлежат налогообложению НДС по ставке 0%.

Для подтверждения обоснованности применения такой ставки и налоговых вычетов в налоговые органы надо сдавать отчет о доходах от перевозок пассажиров железнодорожным транспортом в пригородном сообщении. Налоговую базу по НДС следует определять как стоимость проездных документов, реализованных в истекшем налоговом периоде.