Региональным законом предусмотрена льгота по налогу на имущество для организаций, реализующих инвестиционные проекты - в отношении имущества, создаваемого и (или) приобретаемого для реализации инвестиционных проектов, и прироста стоимости модернизированных в соответствии с инвестиционными проектами основных средств. 

В ноябре 2011 года компания заключила с администрацией области инвестиционное соглашение и впоследствии заявила льготы в налоговых декларациях за 2009-2011 годы.

Дополнительным соглашением к инвестиционному проекту предусмотрена корректировка налоговых льгот по фактическим расчетам по окончании каждого финансового года реализации проекта. На момент проведения выездной проверки льготы были скорректированы и предоставлены компании в больших размерах, чем установлено в инвестиционном договоре.

По результатам выездной проверки инспекция доначислила налог на имущество, пени и штраф, ссылаясь на несвоевременное принятие к учету льготируемых (полностью освобожденных от обложения налогом на имущество) объектов ОС. По мнению налоговиков, региональный закон предусматривает только общие основания предоставления льготы по налогу для участников инвестиционной деятельности, однако размер налоговых льгот должен быть определен в инвестиционном соглашении. 

В данном договоре предусмотрена льгота в размере 14,9 млн рублей, которая дополнительным соглашением увеличена до 27,1 млн рублей. Учитывая, что инспекция установила нарушение сроков постановки на учет ОС, компания за это время, по логике налоговиков, должна уплатить налог в отношении льготируемого имущества.

Суды трех инстанций (дело № А64-6024/2013) признали решение инспекции недействительным, указав что истцом соблюдены необходимые условия по предоставлению налоговых льгот.

Суды установили, что компания от льготы не отказывалась. Следовательно, учитывая дополнительное соглашение, несвоевременное отражение на счетах бухгалтерского учета именно льготируемого имущества, не привело к неполной уплате налога на имущество.