В письме от 30 июля 2014 г. N 03-07-11/37594 Минфин указал, что при приобретении услуг по перевозке работников к месту командировки и обратно в книге покупок, предназначенной для аккумулирования сумм вычетов по НДС, регистрируются также бланки строгой отчетности (или их копии). Такие бланки должны быть заполнены в установленном порядке, включены работником в отчет о служебной командировке, в этих документах должна быть выделена отдельной строкой сумма НДС. Это установлено постановлением № 1137.

Маршрут/квитанция электронного пассажирского билета и багажной квитанции (выписка из автоматизированной информационной системы оформления воздушных перевозок) является документом строгой отчетности и применяется для осуществления организациями и ИП наличных денежных расчетов и (или) расчетов с использованием платежных карт без применения контрольно-кассовой техники.

Таким образом, при приобретении электронных авиабилетов для проезда сотрудников к командировку, при исчислении НДС к вычету принимается сумма налога, выделенная отдельной строкой в маршрут/квитанции электронного пассажирского билета, составленного автоматизированной информационной системой оформления воздушных перевозок и распечатанного на бумажном носителе.

О возможности принятия к вычету расходов по электронному авиабилету Минфин говорил и ранее.