В письме от 16 апреля 2014 г. N 03-07-08/17292 Минфин указал, что выбытие у поставщика (в рассмотренном случае - у экспортера) товаров в связи с их повреждением объектом налогообложения НДС не является.

Поэтому если виновное лицо компенсировало ущерб, в том числе денежными средствами, начисление НДС не производится.

Одновременно следует учитывать, что суммы НДС подлежат вычету только в случае приобретения товаров (работ, услуг) для операций, признаваемых объектом налогообложения. Так что суммы налога, предъявленные по товарам (работам, услугам), использованным для производства и реализации впоследствии выбывших товаров, вычетам не подлежат.