С июля 2009 года компания перешла с УСН на общую систему налогообложения, а с октября 2009 года снова на УСН и применяла ее в течении 2010 года. По результатам выездной проверки налоговый орган счел, что компания необоснованно применяла УСН с 3 квартала 2009 года, превысив установленный лимит доходов, и доначислила налоги по общей системе.

На момент проведения проверки за 2009-2010 годы генеральным директором компании являлся Т, которому было вручено уведомление от 10.02.12 о предоставлении документов. 16.02.12 компания сообщила об отсутствии запрошенных документов (кроме 4 квартала 2010 года), ссылаясь на то, что они незаконно удерживаются предыдущим руководителем Ч, полномочия которого прекращены приказом в 2011 году.

Бывший директор это подтвердил и предоставил инспекции копии документов по счетах бухучета за 2009 год и 9 месяцев 2010 года, заверенные им самим. Он также пояснил, что оригиналы документов были переданы по акту приема-передачи в Управление налоговых преступлений УМВД. Копии документов компании не передавались. Впоследствии указанные документы были переданы в следственный комитет.

Судами трех инстанций (дело № А48-226/2013) установлено, что в акте проверки и в решении отсутствуют ссылки на конкретные документы, на основании которых налоговым органом сделан вывод о превышении истцом в третьем квартале 2009 года предельного размера дохода, позволяющего применять УСН. В отношении 2010 года вопрос о соблюдении налогоплательщиком предельного размера дохода применительно к УСН инспекцией не исследовался. 

При этом превышение дохода во всех приведенных налоговым органом расчетах не является значительным (170 тысяч рублей), и не позволяет сделать однозначный вывод о наличии превышения. Следовательно, по мнению судов, не доказан размер действительных налоговых обязанностей компании. 

Кроме того, инспекция не приняла мер к установлению соответствия копий подлинным документам, находившимся на момент проведения проверки в следственном комитете.

Согласно статьи 27 НК законными представителями налогоплательщика признаются лица, уполномоченные представлять указанную организацию на основании закона или ее учредительных документов. Пунктом 4 статьи 101 НК запрещается использование при рассмотрении материалов налоговой проверки доказательств, полученных с нарушением НК.

Признавая решение недействительным, суды указали на недопустимость использования представленных Ч документов в качестве доказательств, поскольку на момент проведения проверки он не являлся законным либо уполномоченным представителем компании.