В проверяемом периоде между ООО «Е» (заказчик) и ООО «Н» (подрядчик) был заключен договор генерального подряда на выполнение комплекса строительно-монтажных работ по строительству первой очереди горно-обогатительного комбината. Договором предусмотрено финансирование строительства путем перечисления заказчиком авансовых платежей на основании согласованных сторонами квартальных графиков финансирования. Суммы НДС по авансам принимались к вычету в полном объеме. В дальнейшем при принятии работ указанные суммы в соответствии со статьей 170 НК восстанавливались, но не полностью.

Во 2 квартале 2012 года ООО «Н» выполнило часть работ и выставило счет-фактуру, на основании которого ООО «Е» заявило к вычету 27,5 млн рублей. Одновременно в налоговой декларации по НДС за указанный период ООО «Е» указало сумму НДС с зачтенного ранее аванса, подлежащую восстановлению, в размере 13,7 млн рублей или 50% от суммы, указанной подрядчиком в счете-фактуре.

При этом ООО «Е» поясняет, что в соответствии с допсоглашением оплаченный аванс погашается при приеме работ согласно предъявленным актам о приемке выполненных работ (КС-2) и справкам о стоимости выполненных работ и затрат (КС-3) с 50% уменьшением платежа на часть суммы уплаченного ранее по графику аванса.

По результатам камеральной проверки декларации по НДС налоговики отменили ранее принятое ими решение о возмещении НДС в заявительном порядке и предложили возвратить излишне полученные суммы НДС.

Ссылаясь на вышеуказанное соглашение и считая, что вправе восстанавливать сумму НДС, ранее принятую к вычету по оплаченным контрагенту авансовым платежам, не в полном объеме, компания обратилась в суд (дело № А12-12139/2013).

Суды четырех инстанций, отказывая компании в удовлетворении требования, разъясняют, что частичное восстановление НДС, исходя из условий договора генерального подряда, противоречит положениям подпункта 3 пункта 3 статьи 170 НК, регулирующего возникшие спорные правоотношения.

В решении кассации указано: «условия заключенного между сторонами договора генерального подряда не могут предоставлять налогоплательщику право произвольно принимать и восстанавливать суммы НДС, исходя из коммерческих интересов, изменять нормы действующего налогового законодательства».

В данном случае компания должна была восстановить НДС в том объеме, в котором суммы НДС по приобретенным работам подлежат вычету в указанном налоговом периоде - в сумме 27,5 млн рублей.