В письме от 01.04.2014 № 03-07-РЗ/14444 Минфин рассказал о применении вычетов по НДС в различных ситуациях.

Абзац 2 пункта 5 статьи 171 НК устанавливает, что вычетам подлежат суммы НДС, исчисленные продавцами и уплаченные ими в бюджет с сумм предоплаты в случае изменения условий либо расторжения соответствующего договора и возврата соответствующих сумм авансовых платежей. Если же произошел зачет суммы предоплаты по расторгнутому договору в счет поставки товаров по новому договору, то есть без возврата денежных средств указанная норма не применяется.

Вместе с тем суммы НДС, исчисленные с предоплаты, подлежат вычету с даты отгрузки (п. 8 ст. 171 и п. 6 ст. 172 НК). Так что НДС с предоплаты, зачтенной в счет нового договора, принимается к вычету при фактической отгрузке товаров по новому договору.

При заключении соглашения о новации обязательства по поставке предварительно оплаченных товаров в заем прекращается обязательство продавца по договору поставки и возникает обязательство заемщика по договору займа. Поскольку при этом предоплата продавцом не возвращается, вышеупомянутый абзац 2 пункта 5 статьи 171 НК в данном случае также не применяется.

Если налогоплательщики взаимно обменялись предоплатами, то согласно ГК обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования.

Взаимозачет в отношении сумм предоплаты, полученных взаимно, признается прекращением обязательства по возврату указанных сумм оплаты. Поэтому суммы предварительной оплаты, в отношении которых осуществлен взаимозачет, по мнению Минфина, следует считать возвращенными.

Исходя из этого суммы НДС, исчисленного и уплаченного в бюджет продавцами по полученным друг от друга суммам предоплаты, подлежат вычетам при заключении соглашения о взаимозачете (таким образом, при этом применяется абзац 2 пункта 5 статьи 171 НК). Если при этом НДС уже был принят покупателями к вычету, то его необходимо восстановить.