Минфин России в письме от 20.07.2012 N 03-07-15/80 напомнил, что согласно п. 2 ст. 20 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ "Об электронной подписи" Федеральный закон от 10.01.2002 N 1-ФЗ "Об электронной цифровой подписи" признается утратившим силу с 1 июля 2012 г.
До этого момента электронный документ, подписанный электронной цифровой подписью, признается электронным документом, подписанным усиленной квалифицированной электронной подписью в соответствии с Федеральным законом от 06.04.2011 N 63-ФЗ.
Счет-фактура, составленный в электронном виде, может подписываться до 1 июля 2012 г. электронной цифровой подписью или усиленной квалифицированной электронной подписью, а после признания утратившим силу Федерального "закона" от 10.01.2002 N 1-ФЗ - усиленной квалифицированной электронной подписью или в соответствии с п. 2 ст. 6 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ усиленной неквалифицированной электронной подписью в случае, если сертификат ключа проверки электронной подписи выдан удостоверяющим центром, входящим в сеть доверенных удостоверяющих центров ФНС России (вплоть до окончания действия сертификата или существования сети доверенных удостоверяющих центров ФНС России).