Операции по реализации муниципального недвижимого имущества, право собственности на которое перешло субъектам малого и среднего предпринимательства до 1 апреля 2011 года, подлежат обложению НДС в порядке, установленном абзацем вторым пункта 3 статьи 161 НК РФ. То есть исчислять и уплачивать НДС должны налоговые агенты -- покупатели имущества, независимо от даты оплаты имущества.

А вот с 1 апреля 2011 года операции по реализации (передаче) на территории РФ государственного или муниципального имущества, составляющего госказну и выкупаемого в порядке, установленном Федеральным законом от 22 июля 2008 г. № 159-ФЗ, объектом обложения НДС не признаются.

На это указал Минфин России в своем письме от 20.04.2012 № 03-07-11/120.