Субсидии, получаемые коммерсантом из бюджета, на возмещение недополученных доходов в связи с реализацией товаров, выполнением работ или оказанием услуг по ценам, регулируемым государственными или муниципальными органами власти, осуществляемых в рамках «вмененной» деятельности, не облагаются НДФЛ.

Такой вывод сделал Минфин России в своем письме от 22.08.2011 № 03-11-11/214.

Однако предприниматели могут получать средства из бюджета на цели, не связанны с возмещением недополученных доходов в связи с реализацией товаров по ценам, регулируемым государственными или муниципальными органами власти.
Тогда, указывают финансисты, эти ассигнования не признаются доходом, полученным от осуществления видов предпринимательской деятельности, переведенных на уплату единого налога. Следовательно, данные суммы выплат подлежат налогообложению у индивидуальных предпринимателей налогом на доходы физических лиц.

Кстати, подробнее о субсидиях и целях, на которые они выделяются, вы можете узнать из статьи «Порядок налогообложения субсидий зависит от их целевого назначения» // Вмененка, 2011, № 4.