Налогоплательщик вправе предъявлять НДС к вычету по одному счету-фактуре частями в течение трех лет с момента возникновения права на этот вычет (постановление ФАС Московского округа от 25.03.2011 № КА-А40/1116−11 по делу № А40−18282/10−114−120).

Из дела следует, что организация приобрела дорогостоящее основное средство (воздушное судно) и приняла его к учету. Однако НДС, предъявленный поставщиком, поставила к вычету не в том налоговом периоде, в котором у нее возникло право на этот вычет, а позднее. Более того, организация предъявила к вычету не всю сумму НДС по конкретному счету-фактуре, а лишь часть. Налоговая инспекция расценила такие действия как нарушение законодательства и поэтому отказала организации в вычете НДС.

Арбитражные суды первой и апелляционной инстанций поддержали организацию, поскольку она выполнила все необходимые требования, предусмотренные статьями 171 и 172 НК РФ для применения налогового вычета. Суды также отметили, что законодательство о налогах и сборах не содержит запрета на предъявление НДС к вычету частями в течение трех лет с момента возникновения права на этот вычет. Применение налогового вычета не в том налоговом периоде, в котором организация выполнила все необходимые для вычета условия, а позднее и не в полной сумме, а частями не приводит к неуплате НДС в бюджет. Ведь в этом случае у компании образуется переплата по налогу в предыдущих налоговых периодах.

Налоговая инспекция не оспаривала реальность операции по приобретению объекта основных средств и не предъявляла каких-либо претензий к документам, представленным налогоплательщиком. Поэтому суд кассационной инстанции подтвердил правомерность применения вычета НДС в том порядке, в котором это сделала организация.