Довольно распространенная ситуация, когда налоговый орган при проверке находит, если можно так сказать, дефект или ошибку в счет-фактуре и, не проверив должным образом все обстоятельства, производит доначисление НДС и пени.

Например, компании пришлось подавать иск в арбитраж для того, чтобы защищать свои права. Она работала с иногородними поставщиками, получая по почте от них всю необходимую документацию. В ходе проверки инспекторами были обнаружены дефектные счет-фактуры, на основании чего и были доначислены и налог и пени.

ФАС Московского округа высказал свое мнение по этому вопросу, отметив, что дефектность счетов-фактур при отсутствии доказательств согласованных действий, направленных на получение налоговой выгоды между компанией и ее поставщиками, сама по себе не может лишать права на налоговую выгоду.

Постановление ФАС Московского округа от 30 сентября 2010 г. N КА-А40/9677-10.