Организация подавала еще в 2005 году уточненную декларацию по НДС, согласно которой сумма НДС была заявлена к возмещению из бюджета. В 2008 году налогоплательщик обратился с заявлением в инспекцию о возврате налога. Но налоговый орган отказал ему по причине пропуска организацией трехлетнего срока для подачи подобного рода заявлений. Налогоплательщик был вынужден обратиться в суд.

Судебные инстанции полностью поддержали доводы организации, обратив внимание на то, что возникшая у налогоплательщика переплата образовалась не в связи с излишней уплатой налога в бюджет, а по налоговым вычетам, подлежащим возмещению, которая не предусматривает трехлетнего срока на обращение налогоплательщика в налоговый орган с заявлением о возврате налога.

Определение ВАС РФ от 17 сентября 2010 г. N ВАС-12415/10.