Не все помнят о сроках. И это печально, ведь за возвратом НДС можно обратиться только в течение 3-х лет. Суды не стали удовлетворять требования налогоплательщика, т.к. он слишком поздно обратился в суд. В свою защиту общество привело аргумент об утрате первичной бухгалтерской документации, подтверждающей право на вычет, т.е. общество не обладало финансово-хозяйственными документами, позволяющими определить для истца факт переплаты НДС на дату вынесения решения по проверке.

Позиция суда такова, что поскольку Общество самостоятельно исчисляло сумму налога, самостоятельно производило его уплату, то оно было осведомлено о возможности уменьшения налоговых обязательств в период возникновения права на налоговый вычет и, соответственно, о возникновении возможной переплаты. Арбитры установили, что сумма заявленного налогоплательщиком к возмещению НДС могла быть предъявлена в январе - марте 2006 года, в связи с чем трехлетний срок для обращения в суд истек соответственно в феврале, марте и апреле 2009 году. А в суд компания обратилась в июне 2009 года. Общество пропустило трехлетний срок на защиту нарушенного права. Кроме того, отрицательные последствия утраты налогоплательщиком первичной документации, подтверждающей право на вычет, не могут быть истолкованы в пользу наличия у налогоплательщика указанного права.

Постановление Федерального арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 1 апреля 2010 г. по делу N А75-6663/2009