Компании, применяющие упрощенную систему налогообложения, не вправе выделять в расчетных документах и договорах НДС отдельной строкой, а также выписывать счета-фактуры с НДС. К такому выводу пришли чиновники УФНС России по г. Москве в письме от 07.10.08 № 19-11/93941. Если же компания на «упрощенке» все-таки выпишет счет-фактуру с НДС, то ей придется уплатить налог в бюджет (п. 5 ст.173 НК РФ). 

Однако на практике налоговики требуют от компаний на «упрощенке» уплаты НДС даже в том случае, если счета-фактуры не оформлялись либо выписывались без налога. Но при этом контрагенты по какой-то причине оплачивали услуги с выделением суммы налога. Доначислить НДС налоговики могут на основании выписок по банковским счетам, в которых отражены суммы, поступившие от покупателей с выделенной суммой НДС.

Но, по мнению судей Федерального арбитражного суда Московского округа, такие данные не могут служить основанием для начисления налога (постановление от 31.10.08 № КА-А41/10190-08).

Если покупатель ошибочно выделил НДС в платежке, то, чтобы исключить споры с налоговиками, лучше заранее попросить контрагента направить в адрес компании письмо, где сказано об ошибке.