Если у иностранной компании приобретены неисключительных прав на использование программ для ЭВМ по лицензионному договору российская компания не считается налоговым агентом, так как эта операция освобождается от налогообложения НДС. 

Это касается только тех случаев, когда права на программу были переданы в 2008 году. Если права передавались еще в 2007 году, то независимо от даты их оплаты российская компания должна уплатить НДС как налоговый агент. К такому выводу пришли специалисты Минфина России в письме от 28 февраля 2008 г. № 03-07-08/48.