В письме от 17.11.2017 г. N 03-02-08/75912 Минфин напомнил, что по общему правилу заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты (если иное не предусмотрено налоговым законодательством).
В определении КС от 21.06.2001 N 173-О указано, что эта норма не мешает налогоплательщику в случае пропуска установленного срока обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы в порядке гражданского или арбитражного судопроизводства, и в этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права.
Таким образом, в случае пропуска трехлетнего срока налогоплательщик может обратиться в суд для защиты своего права в пределах общего срока исковой давности, установленного статьей 196 ГК. Если суд признает уважительной причину пропуска срока исковой давности, нарушенное право гражданина подлежит защите (статья 205 ГК).