ООО «А» является агропромышленным холдингом, в который входит ООО «Б», специализирующееся на производстве высокоэнергетических и высокобелковых зерновых культур для обеспечения животноводческих и свиноводческих компаний холдинга кормами и продукцией растениеводства. ООО «А» является 100% участником ООО «Б».

С 2007 года между ООО «А» (исполнитель) и ООО «Б» (заказчик) были заключен договор на оказание услуг по организационному, экономическому и правовому сопровождению реализации инвестиционных проектов, проведению ремонтов основных средств, формированию производственной программы, потребности в товарно-материальных ценностях, оптимальной численности и категории работников.

По результатам выездной проверки налоговая доначислила НДС, пени и штраф, указав, что ООО «А», как единственный участник налогоплательщика занимается управлением, руководством и полным контролем за деятельностью учрежденной им фирмы. При этом согласно уставу ООО «Б» определение основных направлений деятельности компании относится к исключительной компетенции единственного участника. По мнению налоговиков, функции учредителя не могут исполняться за плату по отдельному гражданско-правовому договору. К тому же, в актах выполненных работ не конкретизированы виды услуг, отсутствует информация об исполнителях работ, а у налогоплательщика имеется штат сотрудников, обладающих специальными знаниями, навыками, достаточным опытом для решения текущих вопросов деятельности фирмы.

Суд первой инстанции (дело № А08-8787/2015) поддержал выводы инспекции, указав на отсутствие конкретных результатов оказанных услуг, их документального подтверждения, а также на дублирование одних и тех же видов работ.

Апелляция отменила его решение, указав на статью 9 федерального закона об ООО, согласно  которой выполнение функций единоличного исполнительного органа не отнесено к числу обязанностей участников. Суд установил, что профильные сотрудники налогоплательщика обеспечивают решение текущих вопросов деятельности, но не обладают необходимым уровнем опыта и квалификацией для подготовки высокоэффективных управленческих документов. При допросах сотрудники налогоплательщика и ООО «А» подтвердили оказание налогоплательщику услуг.

Кассация (Ф10-5687/2016 от 28.02.2017) оставила в силе решение апелляции, добавив, что представленные документы, в том числе счета-фактуры, содержат все обязательные реквизиты - в них указаны наименование, адрес продавца и покупателя, их ИНН/КПП, подписи руководителей.