В письме от 03.09.14 № БС-4-11/17606@ ФНС ответила на вопрос о том, по какой ставке облагаются НДФЛ доходы беженцев с Украины. Чтобы определить ставку, необходимо учесть налоговый статус физлица. Налоговыми резидентами РФ признаются физлица, фактически находящиеся в РФ не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев.

Так что если принятый на работу беженец находится в РФ менее 183 дней в течение 12 месяцев на дату получения дохода, такой доход от источника в РФ облагается НДФЛ по ставке 30%.