В письме от 18 августа 2014 г. N 03-07-05/41205 Минфин напомнил, что входящие суммы НДС принимаются к вычету либо учитываются в стоимости приобретенных ценностей в той пропорции, в которой они используются для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения).

Указанная пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождены от налогообложения), в общей стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав за налоговый период. Особенности определения пропорции установлены пунктом 4 статьи 170 НК, которым не учтены последствия начисления процентов по приобретенным ценным бумагам.

К тому же, доходы в виде процентов по ценной бумаге не являются выручкой от реализации товаров (работ, услуг). Поэтому такие доходы при определении указанной пропорции не учитываются.