Коммерческие организации, получившие субсидии на возмещение затрат в связи с производством (реализацией) товаров, выполнением работ, оказанием услуг, должны включить суммы субсидий в доходы по налогу на прибыль. Представители ФНС России указывают, что субсидии не поименованы в статье 251 НК РФ, в которой перечисляются доходы, не учитываемые при определении налоговой базы по налогу на прибыль. При этом данные субсидии не подлежат отдельному учету. Расходы, произведенные за счет целевых поступлений, включаются в состав расходов в общем порядке. Если организация перечисляет в бюджет остаток неиспользованной субсидии, такой остаток нужно учесть в составе внереализационных расходов отчетного (налогового) периода, в котором было перечисление.

Подробнее об этом — в письме ФНС России от 30.06.14 № ГД-4-3/12324@, опубликованном в разделе разъяснений, обязательных для применения налоговыми инспекциями