Плательщик единого налога, получивший субсидию из бюджета на возмещение затрат или недополученных доходов в связи с реализацией товаров (выполнением работ, оказанием услуг), вправе учесть эти средства в рамках главы 26.3 НК РФ.

На это указал Минфин России в письме от 17.02.2014 № 03-11-09/6276.

А вот субсидии, полученные «вмененщиком» на другие цели, следует облагать налогами по общей системе или УСН.