В соответствии с письмом Минфина РФ от 20.04.2007 г. N 03-07-11/114, заполнять счета-фактуры по товарам, реализуемым фирмой через филиалы, обязан головной офис, пишет provodka.ru. При этом в строке 2б «ИНН/КПП продавца» указывается КПП соответствующего подразделения.

Обязанность составлять счета-фактуры возложена на плательщиков налога на добавленную стоимость. Обособленные подразделения организаций плательщиками НДС не являются.