В письме от 03.07.13 № 03-07-15/25437 Минфин рассмотрел ситуацию: вследствие работы централизованной системы формирования счетов-фактур первые экземляры документа распечатываются "на местах" из программы и подписываются другими лицами, нежели вторые экземпляры, остающиеся на хранении в головном офисе.
Ведомство указало, что данная особенность не является поводом для отказа в вычете по таким счетам-фактурам.
Счета-фактуры подписываются руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.
Если в силу технологических особенностей управления бизнес-процессами экземпляры счетов-фактур подписываются разными уполномоченными лицами, то основания для отказа налогоплательщикам-покупателям в применении вычетов соответствующих сумм налога отсутствуют. Если, конечно, расхождения в них не препятствуют идентифицикации продавца, покупателя, наименования товаров (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога.