Экспедитор может организовать перевозку груза от своего имени, но за счет клиента. Поэтому ФНС России в письме от 03.10.12 № ЕД-4-3/16555@ делает вывод, что элементы условия договора транспортной экспедиции аналогичны посредническому договору.

Следовательно, "экспедиторы могут по услугам третьих лиц, приобретаемым ими от своего имени за счет клиента, выставлять счета-фактуры с отражением показателей счетов-фактур, выставленных экспедиторам организациями, непосредственно оказывающими эти услуги, в порядке, предусмотренном Правилами заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденными Постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 N 1137, для комиссионеров (агентов)".

В счете-фактуре по услуге экспедитора следует отражать сумму его вознаграждения без указания стоимости услуг, определенных договором транспортной экспедиции, приобретаемых экспедитором от своего имени за счет клиента.