Если налоговый орган в ходе проверки самостоятельно нашел признаки контролируемой сделки, по которой не получил в установленном порядке уведомления от ее участников, он обязан уведомить налогоплательщика, у которого проводит проверку, о том, что направил сведения о контролируемой сделке в УФНС.

В письме от 06.09.12 № 03-01-18/7-127 Минфин разъяснил, что по факту обнаружения контролируемой сделки, уведомления о которой налоговики не получали, может быть направлено "информационное сообщение в налоговый орган по месту нахождения налогоплательщика, являющегося иной стороной сделки. Указанное извещение будет служить основанием для установления факта представления (непредставления) уведомления иной (иными) стороной (сторонами) сделки и при необходимости инициирования в отношении налогоплательщика, не представившего уведомление о контролируемых сделках или представившего уведомление с недостоверными сведениями, производства по делу о предусмотренных Кодексом налоговых правонарушениях".

Кроме того, ФНС перечислила основания для проведения проверки по контролируемым сделкам между взаимозависимыми лицами. В том числе такая проверка может проводиться как на основании уведомления налогоплательщика, так и на основании полученного извещения по его поводу, или после того, как УФНС обнаружила факт контролируемой сделки в ходе повторной проверки.

"Из совокупности норм ст. 105.17 Кодекса следует, что проведение проверки как на основании уведомления о контролируемых сделках, так и на основании извещения возможно только в отношении конкретной контролируемой сделки (группы однородных сделок) конкретного налогоплательщика, подавшего уведомление, или в отношении которого получено извещение". (курсив наш - Audit-it).