Организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%, не вправе применять упрощённую систему налогообложения. С 1 января 2011 данное ограничение не распространяется на ряд обществ, обращает внимание УФНС России по Саратовской области.
В это число входят хозяйственные общества, деятельность которых заключается в практическом применении (внедрении) результатов интеллектуальной деятельности (программ для электронных вычислительных машин, баз данных, изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, селекционных достижений, топологий интегральных микросхем, секретов производства (ноу-хау), исключительные права на которые принадлежат учредившим их бюджетным научным учреждениям и созданным государственными академиями наук научным учреждениям, либо высшим учебным заведениям, являющихся бюджетными образовательными учреждениями, и созданным государственными академиями наук высшим учебным заведениям.