Денежные средства, получаемые арендодателем от арендатора в виде пеней за нарушение сроков оплаты, предусмотренных условиями договора аренды, в том числе обязательств по оплате услуг по аренде, следует относить к денежным средствам, связанным с оплатой услуг.
Поэтому указанные суммы подлежат включению в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость.
Такую позицию высказал Минфин в своем Письме от 16.04.2009 № 03-07-11/104.