Наличие в договоре или дополнительном соглашении к нему условия о предоплате является обязательным для вычета НДС с аванса. При этом чиновники утверждают, что если в договоре зафиксирован конкретный размер аванса, например, 50 процентов от стоимости товара, то принять к вычету НДС с предоплаты можно только с этой суммы. И неважно, что покупатель на самом деле перечислил больше (см. письмо Минфина России от 06.03.09 № 03-07-15/39). Поэтому, вероятнее всего, инспекторы будут снимать вычеты по НДС с предоплаты, которая превышает установленную договором сумму.
Чтобы избежать проблем, лучше не устанавливать в договоре конкретную сумму аванса, а закрепить его минимальный размер. Например, что покупатель обязан перечислить предоплату не позднее такого-то числа в размере не менее 50 процентов от стоимости товара. Такая формулировка позволит покупателю принять НДС с аванса к вычету по фактически перечисленной сумме.