Без требования об уплате имеющейся у компании недоимки и решения о принудительном ее взыскании инспекторы не вправе самостоятельно погашать эту недоимку за счет суммы НДС, подлежащей возмещению. К такому выводу пришел Высший арбитражный суд РФ. Источник:определение Высшего арбитражного суда РФ от 21.02.08 № 1395/08

Дело в том, что зачет по инициативе инспекции считается формой принудительного взыскания задолженности перед бюджетом. А значит, налоговики должны соблюдать все формальности, установленные в Налоговом кодексе для взыскания налога. В частности, в течение трех месяцев с момента обнаружения недоимки они обязаны направить компании требование о ее уплате (п. 1 ст. 70 НК РФ). Затем по истечении срока исполнения требования вынести решение о принудительном взыскании. И только после этого принимать решение о зачете налога, подлежащего возмещению, в счет ранее возникшей недоимки.