Решение «БЭСТ-Автономное учреждение» реализовано на базе информационной системы «БЭСТ-5» (версия 3.4). Оно автоматизирует ежедневную работу бухгалтера автономного учреждения на самых трудоемких участках учета и обеспечивает высококачественную подготовку бухгалтерской и налоговой отчетности. 

Решение «БЭСТ - Автономное учреждение» позволяет обособленно учитывать:
Средства, полученные в виде субвенций и субсидий для выполнения заданий учредителя и расходы, произведенные за счет этих средств;
Доходы, полученные от ведения самостоятельной хозяйственной деятельности, и расходы, произведенные для обеспечения этой деятельности;
Поступление средств целевого финансирования и их расходование;
Недвижимое и особо ценное движимое имущество, закрепленное учредителем или приобретенное за счет средств, выделенных учредителем на приобретение такого имущества.

Раздельный учет перечисленных выше ресурсов обеспечивается как для целей составления бухгалтерской отчетности, так и для целей налогообложения.

Основные особенности работы автономного учреждения заключаются в следующем. Автономное учреждение – некоммерческая организация, которая в отличие от бюджетной организации, самостоятельно распоряжается полученными доходами и (за некоторыми исключениями) всем имуществом. Автономное учреждение может переходить на упрощенную систему налогообложения, участвовать в уставном (складочном) капитале других юридических лиц, передавать имущество другим юридическим лицам в качестве их учредителя или участника, а также привлекать заемные средства.

Имущество, полученное автономным учреждением по решению органов исполнительной власти всех уровней, не относится к доходам при исчислении налога на прибыль. Средства, выделяемые автономным учреждениям в форме субсидий и субвенций для финансирования исполнения заданий учредителя, признаются средствами целевого финансирования и не относятся к доходам, облагаемым налогом на прибыль. Таким образом, переход в «автономию» максимально повысит эффективность работы бюджетных структур, способных самостоятельно зарабатывать деньги.