Законопроект о правке Таможенного кодекса в части администрирования платежей участников внешней торговли Госдума в первом чтении приняла еще в марте 2007 года. Декларировалось, что документ принимается для устранения технических ошибок и внутренних противоречий, выявленных в ходе применения статей кодекса, вступившего в силу в 2004 году. Однако в ходе последующих согласований проект дополнился нормами, выходящими за рамки технических. Следствием разнонаправленных действий лоббистов стало отклонение закона Советом федерации 7 июля 2009 года и создание палатами согласительной комиссии. Результаты работы этой комиссии в пятницу и утвердила Госдума. 

Одной из вызвавших недовольство сенаторов норм документа стало установление для таможенных брокеров "солидарной с декларантом ответственности в полном размере суммы подлежащих уплате таможенных платежей". В заключении бюджетного комитета СФ на принятый закон было отмечено, что эта норма "может привести к ситуации двойного взыскания сумм таможенных платежей". Впрочем, при согласовании закона настаивать на этом сенаторы не стали, и пункты о солидарной ответственности в окончательный текст вошли. Как сказал  сопредседатель согласительной комиссии от Госдумы депутат Александр Коган, принятая новация направлена на борьбу с компаниями-однодневками, а также с серыми и черными брокерами. "Сразу обе компании — брокер и участник ВЭД,— как правило, не исчезают — так что таможенной службе будет с кого взять платежи",— отметил депутат. Нариман Кутлубаев из PricewaterhouseCoopers пояснил, что принципиальным новшеством это изменение не является — норма об ответственности брокера есть в кодексе и сейчас, но сформулирована она весьма нечетко. "Суды трактовали ее по-разному, и поэтому практика сложилась противоречивая",— отметил эксперт.

Другой вызвавшей споры новацией, также в итоге оставшейся в законе, стало введение в кодекс статьи "Арест имущества". Налагаться он будет с санкции прокурора при наличии у таможенных органов "достаточных оснований полагать, что указанное лицо примет меры, чтобы скрыться либо скрыть свое имущество". По словам Александра Когана, эта норма является "зеркальной" по отношению к ст. 77 Налогового кодекса, дающей право ареста имущества компаний налоговым органам. В заключении бюджетного комитета СФ, подписанном его главой Евгением Бушминым, отмечалось, что, поскольку понятие "достаточности оснований" для ареста в статье не определено, это может создать основу для злоупотреблений при ее использовании. По словам Наримана Кутлубаева, среди участников рынка опасения по поводу возможных "перегибов" при применении этой статьи ФТС действительно существуют.

Наконец, еще одна вводимая в Таможенный кодекс норма касается требований к банкам, выдающим гарантии уплаты компаниями таможенных платежей. Сейчас для включения в соответствующий реестр гарантов от банков требуется соблюдение "обязательных экономических нормативов" в течение последнего года. Госдума попыталась дополнить эту норму требованием отсутствия у банка убытков в течение года. Однако против этого при поддержке СФ выступил Центробанк. В ЦБ посчитали, что в нынешних условиях исключать из процесса выдачи гарантий банки с убытками неправильно. В итоге две палаты парламента сошлись на том, что требования отсутствия убытков в кодексе не будет. В его новой редакции от банков требуется "соблюдение обязательных нормативов, предусмотренных законом "О ЦБ РФ" на все отчетные даты в течение последних шести месяцев".