В письме от 14 июня 2017 г. № БС-3-11/4036@ ФНС указала, что согласно пункту 6 статьи 333.40 НК плательщик госпошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы госпошлины в счет суммы госпошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.

Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу), в который (к которому) он обращался за совершением юридически значимого действия. Заявление о зачете может быть подано в течение трех лет со дня принятия соответствующего решения суда о возврате госпошлины из бюджета или со дня уплаты этой суммы в бюджет. К заявлению прилагаются: решения, определения и справки судов, органов и (или) должностных лиц, производящих действия, за которые уплачивается госпошлина, об обстоятельствах, являющихся основанием для полного возврата госпошлины, а также платежные поручения или квитанции с подлинной отметкой банка, подтверждающие уплату госпошлины.

Таким образом, зачет излишне уплаченной госпошлины может быть произведен судом по заявлению плательщика при представлении последним решения, определения и справки суда, свидетельствующих об обстоятельствах, являющихся основанием для возврата госпошлины, а также платежных документов, подтверждающих ее уплату.

Возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы госпошлины производится органом Федерального казначейства.

Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы госпошлины по делам, рассматриваемым в судах, а также мировыми судьями, подается плательщиком в налоговый орган по месту нахождения суда, в котором рассматривалось дело.

По мнению ФНС, до момента подачи заявления на возврат заявитель имеет право на зачет сумм госпошлины в порядке, предусмотренном пунктом 6 статьи 333.40 НК, в том числе в случае принятия соответствующего решения суда о возврате госпошлины (выдача справки об обстоятельствах, являющихся основанием для полного или частичного возврата излишне уплаченной суммы госпошлины).

При этом необходимо обратить внимание на то, что налоговые органы не вправе производить проверки судов по правильности исчисления и уплаты госпошлины, в том числе и по вопросам ее зачета. Это не урегулировано НК.

Факт уплаты госпошлины или право истца на освобождение от ее уплаты проверяется судом при принятии от истца искового заявления.