В письме от 29.04.2016 № СД-4-3/7821 ФНС указала, что налогоплательщиками водного налога признаются организации и физлица, в том числе ИП, осуществляющие пользование водными объектами, подлежащее лицензированию.

Обязанность представлять налоговую декларацию по тому или иному виду налога обусловлена не наличием суммы такого налога к уплате, а положениями закона об этом виде налога, которыми соответствующее лицо отнесено к числу плательщиков такого налога.

Таким образом, в случае наличия у организации лицензии на пользование недрами, предусматривающей возможность забора воды из водных объектов, организация является плательщиком водного налога и обязана представлять декларацию по водному налогу, в том числе в случае отсутствия факта забора воды из водных объектов в налоговом периоде.

В случае отсутствия забора подземных вод право пользования недрами может быть досрочно прекращено по инициативе недропользователя в порядке, установленном законом "О недрах".

Позиция ФНС подтверждена Минфином в письме от 18.04.2016 № 03-06-05-02/22123.