Госпошлину, уплаченную за выдачу разрешения (лицензии), можно вернуть только в том случае, если она была перечислена в большей сумме, чем установлено Налоговым кодексом РФ (подп. 1 п. 1 ст. 346.40 НК РФ). Или когда пошлину оплатили, но за лицензией так и не обратились (подп. 4 п. 1 ст.346.40 НК РФ).

Если же на основании поданных документов организации или физлицу мотивированно отказали в выдаче разрешения, то уплаченную госпошлину вернуть уже не получится. К такому выводу пришла ФНС России в письме от 02.09.2013 № ММВ-18-15/970.