Налоговые органы вправе контролировать выполнение кредитными организациями установленных Налоговых кодексом обязанностей в порядке, утверждаемом ФНС России, по согласованию с Банком России. Такие обязанности банков установлены статьями 46, 60, 76 и 86 НК РФ — исполнять поручения на перечисление налогов, приостанавливать операций по счетам, вести учет налогоплательщиков и др. Об это Минфин России проинформировал в письме от 27.05.2009 № 03-02-07/1-274.

Налоговые органы вправе истребовать у банков документы, подтверждающие исполнение указанных обязанностей, обследовать с соблюдением соответствующего законодательства РФ помещения организаций. Кроме того, налоговые органы вправе требовать от руководителей и других должностных лиц проверяемой организации устранения выявленных нарушений законодательства о налогах и сборах.