Если в качестве доказательства налоговики предъявляют экспертное заключение, то оно должно соответствовать требованиям статьи 95 Налогового кодекса. В частности, в суде не принимают заключения, если налоговики не уведомляют компанию о проведении экспертизы (см., например, постановление ФАС Московского округа от 23.03.09 № КА-А40/1772-09).