Допустим, срок выплаты аванса - 25.10, зарплата выплачена 10.11, обнаружили ошибку 14.11, зарплата 50000, аванс - 20000. 31.10 Вы начислили налог в сумме 6500. 10.11 Вы перечислили 23500 и налог 6500.
Я думаю, что сложившуюся ситуацию нужно трактовать так:
10.11 Вы удержали лишнюю сумму налога (вместо 3511 с фактически выплаченного дохода - 6500).
При этом всю излишне удержанную сумму перечислили в бюджет.
14.11 Вы выплатили оставшийся доход, пересчитали налог (получилось, что все удержано) - и все.
Собственно, никакого нарушения с т.з. НДФЛ нет.
Есть нарушение с т.з. ТК (задержка зарплаты), по идее следует выплатить компенсацию.
В 6-НДФЛ в разделе 1 покажете 6500 со сроком уплаты 11.11. Вы реально удержали эту сумму.