УСН уплата НДС

2022г ООО на УСН, выставляли некоторым контрагентам сч фактуры с НДС как нам сейчас правильно разойтись с налоговой?

Не очень понятно, в чем проблема.
Это было сделано по ошибке, или по договоренности с клиентом?

Если по договоренности, то нужно:

• заплатить указанную в счете-фактуре сумму НДС в бюджет (п. 5 ст. 173 НК РФ);
• сдать в электронном виде декларацию по НДС (п. 5 ст. 174 НК РФ, разд. XIV Порядка заполнения декларации по НДС).

Сумма НДС, полученная от покупателей по таким счетам-фактурам, в доходы и расходы не включается (п. 1 ст. 248, п. 1 ст. 346.15, пп. 22 п. 1 ст. 346.16 НК РФ, Письмо Минфина России от 23.01.2020 N 24-01-08/3874).

Если это был товар, то "входной" НДС по нему принять к вычету нельзя, потому что организация не является плательщиком НДС (п. 5 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33).

 да делали так чтобы не потерять клиента....но были кадровые перестановки и выяснилось сейчас что НДС нами неуплачен  у контрагента была проверка и им указали на то что мы т.к.на УСН не имели право выставлять им сч.фактуры. Мы готовы все оплатить  там же наверняка еще штрафы пени должны быть. и что нам клиенту предоставить?

Вариант 1.
Оплатите. 
Вы сейчас как платите налоги - "специальными" платежками со статусом 02 или по уведомлениям?

Заполните декларацию (но пока не отправляйте). Уплатите налог и пени (рассчитаете, в инете есть специальные калькуляторы), все это закиньте на ЕНС.
Сейчас личный кабинет по ЕНС заработал, посмотрите, какое у Вас сальдо.
После этого отправьте декларацию (через личный кабинет нельзя, только через спецоператора).

Клиенту предоставьте копию декларации (с электронной отметкой налоговой) и копию платежки об уплате налога.

Вариант 2. 
Извинитесь перед клиентом, верните ему сумму НДС, которую Вам перечислили в составе цены, можете даже неустойку по договоренности заплатить.

PS В любом случае надо надавать по шее менеджеру, который занимается этим клиентом. Если он заварил такую кашу "чтобы не потерять клиента", то должен был проесть плешь бухгалтерии и убедиться, что все сделано как надо.

Спасибо! будем оплачивать..... а что нам грозит за неуплату в 2022г. ?

Владимир, Вы сначала с клиентом это обсудите. Может, они уже передумали принимать этот НДС к вычету (проблемы-то с ним уже возникли). И им лучше, если Вы им все скомпенсируете.

Владимир
а что нам грозит за неуплату в 2022г. ?

Пени (сами должны рассчитать и уплатить до подачи декларации) + штраф по ст. 119 НК

1. Непредставление в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации (расчета по страховым взносам) в налоговый орган по месту учета
влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов не уплаченной в установленный законодательством о налогах и сборах срок суммы налога (страховых взносов), подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации (расчета по страховым взносам), за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей.

В тарифы по вывозу ТБО не включен НДС, но региональный оператор выставляет нам счета с учетом НДС, хотя мы на УСН и освобождены от НДС. Как быть?

Этот входящий НДС просто отнесите на расходы.

Дело в том, что у нас СНТ и хотелось бы снизить расходы.

СНТ - садовое некоммерческое товарищество.
Как Вы снизите расходы, если региональный оператор на более низкий тариф не согласится?

какой грозит штраф за неуплату в 2022?

Корженевич Владимировна
какой грозит штраф за неуплату в 2022?

все тот же - 20% от неуплаченной суммы - если неуплата неумышленная или 40% - если неуплата умышленная (ст. 122 НК РФ).