Начальник не имеет служебного авто: можно ли компенсацию за это учесть в расходах

Ну и зачем так делать? На эту компенсацию нужно начислить все страховые взносы и удержать с нее НДФЛ.
Или не так? Если так то в чем вообще новость?

Это называется "Не задавайте глупых вопросов - не получите глубых ответов"(с).
На самом деле - читайте вот эти письма: от 12 сентября 2018 г. N 03-04-06/65168, от 12 сентября 2018 г. N 03-04-06/65170