За грунт, извлеченный при строительстве дороги, межрегиональная инспекция по Якутии в ноябре 2006 г. доначислила ОАО «Амгаавтодор» НДПИ. Дорога протяженностью 500 м вела к месту свалки добытого из карьера гравия, лицензия на добычу которого была у компании. Во время выездной проверки на карьере инспектора и обнаружили альтернативный источник добычи полезного ископаемого, доначислив за него 263 000 руб. налогов и пени. 

Компания в июле 2007 г. успешно опротестовала мнение налоговиков в арбитраже. Грунт не был полезным ископаемым, таковым можно признать лишь сырье, соответствующее определенному стандарту, указал суд, налоговики этого не доказали.

В Восточной Сибири с похожей проблемой столкнулся ряд ГОКов, рассказывает директор налогового департамента KPMG Вячеслав Голик: помимо добычи указанного в лицензии ископаемого они изымают из земли песок, щебень, сланцы и мел. С этого-то сырья налоговики также требуют заплатить НДПИ.

Исходя из этой логики налоговиков НДПИ можно требовать со всех строителей, роющих любой котлован.

В суде сейчас слушается дело нефтяной компании, от которой налоговики потребовали заплатить нефтяной НДПИ со всей жидкости, добытой из скважин, хотя кроме нефти там было много воды и серы.

В 1990-х гг. ЮКОС не доводил добытую из скважины жидкость до нефтяного ГОСТа, а сразу продавал ее перерабатывающим предприятиям. Таким образом компания уходила от налогов: плата за право пользования недрами и отчисления на воспроизводство платились только с продукции, соответствующей ГОСТу. Впоследствии компания отказалась от схемы.