В письме от 27.07.18 № 03-11-11/53003 Минфин сообщил, что ИП на УСН производит уплату налога и авансовых платежей по месту своего жительства (регистрации). Там же – в налоговый орган по месту жительства – ИП отчитывается по УСН. Это действует даже если деятельность ведется в другом субъекте РФ. 

В отношении НДФЛ с зарплаты наемных работников ИП явлется налоговым агентом. НДФЛ уплачивается в бюджет по месту учета (месту жительства) налогового агента, то есть ИП.

В случае переезда ИП на постоянное место жительства в другой субъект РФ и, соответственно, регистрации в налоговом органе по новому месту жительства такой ИП с доходов, выплачиваемых наемным работникам, уплачивает НДФЛ в бюджет по новому месту жительства.