В письме от 03.08.18 № БС-4-11/15152@ ФНС напомнила, то организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ в бюджет, как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого подразделения. Сумма налога, уплачиваемая в бюджет по месту нахождения подразделения, исчисляется с дохода, начисляемого и выплачиваемого работникам этого подразделения.

6-НДФЛ и 2-НДФЛ надо сдавать в отношении работников подразделений в налоговый орган по месту их учета. Также в этот расчет и в справку включаются данные по физлицам, получившим доходы по договорам гражданско-правового характера, в налоговый орган по месту учета подразделений, заключивших такие договоры.

Таким образом, НДФЛ по месту учета каждого подразделения перечисляется исходя из дохода работников этого подразделения, а также исходя из доходов физлиц по договорам гражданско-правового характера, заключаемым обособленным подразделением (его уполномоченными лицами) от имени организации.